Concepto 322101 de 2025 Departamento Administrativo de la Función Pública - Gestor Normativo - Función Pública

Concepto 322101 de 2025 Departamento Administrativo de la Función Pública

Fecha de Expedición: 08 de julio de 2025

Fecha de Entrada en Vigencia: 08 de julio de 2025

Medio de Publicación:

PRESTACIONES SOCIALES
- Subtema: Incapacidad

El reconocimiento y pago de incapacidades por enfermedad, es hasta por el término de ciento ochenta (180) días. Este pago es asumido por la respectiva EPS si se trata de enfermedad general o por la ARL si se trata de una enfermedad profesional o accidente de trabajo.

*20256000322101*

 

Al contestar por favor cite estos datos:

 

Radicado No.: 20256000322101

 

Fecha: 08/07/2025 07:23:23 a.m.

 

Bogotá D.C.

 

REF: TEMA: PRESTACIONES SOCIALES. SUBTEMA: Generalidades de la incapacidad - Reconocimiento de prestaciones sociales a empleado público en incapacidad superior a 180 días. RAD. 20259000364472 del 03 de junio de 2025.

 

Es importante destacar que este Departamento en ejercicio de sus funciones contenidas en el Decreto 430 de 20161, no tiene dentro de sus competencias resolver situaciones particulares, no es un órgano de control y tampoco tiene la facultad de pronunciarse sobre la legalidad de las actuaciones de las entidades, competencia atribuida a los jueces de la República.

 

Por esta razón, no es de nuestra competencia intervenir en situaciones internas de las entidades, actuar como ente de control, investigación, o seguimiento, ni señalar los procedimientos o las implicaciones legales derivadas de sus actuaciones.

 

No obstante, a modo de información general respecto de la situación planteada, le informo lo siguiente:

 

Respecto al pago de las primas legales y vacaciones con una incapacidad superior a 180 días el Decreto-Ley 3135 de 19682, señala:

 

ARTÍCULO 18. AUXILIO POR ENFERMEDAD. En caso de incapacidad comprobada para desempeñar sus labores, ocasionada por enfermedad, los empleados o trabajadores tendrán derecho a que la respectiva entidad de previsión social le pague, durante el tiempo de la enfermedad, las siguientes remuneraciones:

 

a) Cuando la enfermedad fuere profesional, el sueldo o salario completo durante ciento ochenta (180) días, y

 

b) Cuando la enfermedad no fuere profesional, las 2 terceras partes (2/3) del sueldo o salario durante los primeros noventa (90) días y la mitad del mismo por los noventa (90) días siguientes.

 

PARAGRAFOLa licencia por enfermedad no interrumpe el tiempo de servicio.

 

Cuando la incapacidad exceda de ciento ochenta (180) días el empleado o trabajador será retirado del servicio y tendrá derecho a las prestaciones económicas y asistenciales que este decreto determina.” (Subrayado fuera de texto)

 

A su vez, el Decreto 1848 de 19693, por el cual se reglamenta el Decreto 3135 de 1968, establece:

 

«ARTICULO 9. PRESTACIONES. En caso de incapacidad comprobada para trabajar, motivada por enfermedad no profesional, los empleados públicos y los trabajadores oficiales tienen derecho a las siguientes prestaciones:

 

a. Económica, que consiste en el pago de un subsidio en dinero, hasta por el término máximo de ciento ochenta (180) días, que se liquidará y pagará con base en el salario devengado por el incapacitado, a razón de las dos terceras partes (2/3) de dicho salario, durante los primeros noventa (90) días de incapacidad y la mitad del mencionado salario durante los noventa (90) días siguientes, si la incapacidad se prolongare; y

 

b. Asistencial, que consiste en la prestación de servicios médicos, farmacéuticos, quirúrgicos, de laboratorio y hospitalarios, a que hubiere lugar, sin limitación alguna y por todo el tiempo que fuere necesario.”»(Subrayado fuera de texto)

 

De conformidad con el Artículo 18 del Decreto 3135 de 1968 y el Artículo 9 del Decreto 1848 de 1969, el empleado incapacitado tendrá derecho al pago de un subsidio en dinero correspondiente a un salario completo durante ciento ochenta días (180), cuando la enfermedad fuere profesional y a las dos terceras (2/3) partes del salario durante los primeros noventa (90) días y la mitad del mismo por los noventa (90) días siguientes, cuando la enfermedad no fuere profesional.

 

Por consiguiente, puede colegirse que el reconocimiento y pago de incapacidades por enfermedad, es hasta por el término de ciento ochenta (180) días. Este pago es asumido por la respectiva EPS si se trata de enfermedad general o por la ARL si se trata de una enfermedad profesional o accidente de trabajo.

Por lo anterior, se tiene entonces que la Corte Constitucional, en sentencia T-401 de 2017, indicó claramente quiénes deben asumir el pago de las incapacidades, a través de una tabla de contenido en el que claramente indica:

 

PERÍODO

ENTIDAD

 

OBLIGADA

FUENTE NORMATIVA

Día 1 a 2

EMPLEADOR

Artículo 1 del Decreto 2943 de 2013

Día 3 a 180

EPS

Artículo 41 de la Ley 100 de 1993

Día 181 hasta 540

FONDO DE PENSIONES

Artículo 41 de la Ley 100 de 1993

Día 541 en adelante

EPS

Artículo 67 de la Ley 1753 de 2015

 

De lo anterior, es necesario precisar que el artículo 1 del Decreto 2943 de 2013, el artículo 41 de la Ley 100 de 1993 y el artículo 67 de la Ley 1753 de 2015 establecen de forma precisa qué entidades deben asumir el pago de las incapacidades, teniendo en cuenta la duración de la misma.

 

En este orden de ideas, en caso de incapacidad médica, le corresponde a la entidad u organismo público, a la EPS, ARL o Fondo de Pensiones correspondiente asumir el reconocimiento y pago de las licencias por enfermedad, teniendo en cuenta el pronunciamiento efectuado por la Corte Constitucional en la sentencia arriba referida.

 

Así mismo, se precisa que una vez el empleado supera el término de ciento ochenta días de incapacidad, se entiende suspendido el reconocimiento y pago de elementos salariales, como es el caso de la prima de servicios; no obstante, resulta obligatorio para la entidad continuar con el reconocimiento de aportes a la seguridad social y el pago de prestaciones sociales del empleado; excepto para las vacaciones, de acuerdo con el artículo 22 del Decreto 1045 de 1978.

 

Es importante precisar que, esta Dirección Jurídica, ha conceptuado que en caso de incapacidades superiores a 180 días no habrá lugar al reconocimiento de elementos salariales, como la asignación básica, prima de servicios, bonificación por servicios prestados, ni se ha de tener en cuenta este tiempo como tiempo de servicio, puesto que el empleado no realiza prestación del servicio.

 

Cabe anotar que, una vez superados los 180 días de incapacidad, el empleado no obstante continuar vinculado a la entidad, se encuentra en efecto suspensivo frente a su relación laboral, por lo cual no hay lugar al pago de salarios, sino que procederá, entonces, el auxilio económico si se ha prorrogado la incapacidad o postergado el trámite de la calificación de invalidez, en los términos de las normas que regulan la materia.

 

Señalado lo anterior y dando respuesta a su consulta, respecto al pago de los elementos salariales tales como: prima de servicios y bonificación por servicios prestados, no hay lugar a su reconocimiento, ni se ha de tener en cuenta este tiempo como tiempo de servicio, puesto que el empleado no ha prestado efectivamente el servicio.

 

Ahora bien, respecto al reconocimiento de las vacaciones, el Artículo 22 y 34 del Decreto 1045 de 1978, señala lo siguiente:

 

ARTÍCULO 22. DE LOS EVENTOS QUE NO INTERRUMPEN EL TIEMPO DE SERVICIO. Para los efectos de las vacaciones, no se considera interrumpido el tiempo de servicio cuando la suspensión de labores sea motivada:

 

a) Por incapacidad no superior a ciento ochenta días, ocasionada por enfermedad o accidente de trabajo; (...) (Negrilla y subrayado por fuera del texto original).

 

ARTÍCULO 34. DE LAS PRESTACIONES ECONÓMICAS EN CASO DE ENFERMEDAD O ACCIDENTE DE TRABAJO. Las prestaciones económicas en caso de enfermedad o accidente de trabajo, se reconocerán y pagarán en los términos fijados por la ley.

 

De acuerdo a lo anterior, el pago correspondiente a vacaciones, prima de vacaciones y bonificación por recreación, aunque están clasificadas como prestación social, el citado Decreto, excluye expresamente a la incapacidad que exceda los 180 días.

 

Respecto a las prestaciones que se deberán reconocer, con fundamento en lo expuesto, tal como se dejó indicado, una vez el empleado supera el término de 180 días de incapacidad, resulta obligatorio continuar con el reconocimiento de prestaciones sociales, tales como la prima de navidad, las cesantías y sus intereses, así:

 

Respecto a la prima de navidad, el Decreto Ley 1045 de 1978, señala:

 

ARTÍCULO 32.- DE LA PRIMA DE NAVIDAD. Los empleados públicos y trabajadores oficiales tienen derecho al reconocimiento y pago de una prima de Navidad.

 

Respecto de quienes por disposición legal o convencional no tengan establecido otra cosa, esta prima será equivalente a un mes del salario que corresponda al cargo desempeñado en treinta de noviembre de cada año. La prima se pagará en la primera quincena del mes de diciembre.

 

Cuando el empleado público o trabajador oficial no hubiere servido durante todo el año civil, tendrá derecho a la mencionada prima de navidad en proporción al tiempo laborado, a razón de una doceava parte por cada mes completo de servicios, que se liquidará y pagará con base en el último salario devengado, o en el último promedio mensual, si fuere variable.”

 

(Subrayado fuera del texto)

 

ARTÍCULO 33.- DE LOS FACTORES DE SALARIO PARA LIQUIDAR LA PRIMA DE NAVIDAD. Para el reconocimiento y pago de la prima de navidad se tendrán en cuenta los siguientes factores de salario:

 

a) La asignación básica mensual señalada para el respectivo cargo;

 

b) Los incrementos de remuneración a que se refieren los artículos 49 y 97 del Decreto-Ley 1042 de 1978;

 

c) Los gastos de representación;

 

d) La prima técnica;

 

e) Los auxilios de alimentación y transporte;

 

f) La prima de servicios y la de vacaciones;

 

g) La bonificación por servicios prestados.”

 

Por su parte, el Decreto 611 de 20254, establece:

 

ARTÍCULO 17. PRIMA DE NAVIDAD. Los empleados públicos y trabajadores oficiales tienen derecho al reconocimiento y pago de una prima de Navidad.

 

Respecto de quienes por disposición legal o convencional no tengan establecido otra cosa, esta prima será equivalente a un mes del salario que corresponda al cargo desempeñado al treinta de noviembre de cada año. La prima se pagará en la primera quincena del mes de diciembre.

 

Cuando el empleado público o trabajador oficial no hubiere servido durante todo el año civil, tendrá derecho a la mencionada prima de navidad en proporción al tiempo laborado, que se liquidará y pagará con base en el último salario devengado, o en el último promedio mensual, si fuere variable.

 

Ahora bien, frente a la aplicación de esta disposición a las entidades del nivel territorial, se precisa que el Decreto 1919 20025, hizo extensivo el régimen de prestaciones sociales de los empleados públicos del nivel nacional a los empleados del nivel territorial, entre las cuales se encuentra, la prima de navidad, en consecuencia, lo dispuesto en el artículo 17 del 611 de 2025, sobre la prima de navidad, es aplicable en los mismos términos, tanto para los empleados del nivel nacional, como para los del nivel territorial.

 

De manera que, cuando el empleado público o trabajador oficial no hubiere servido durante todo el año civil, tendrá derecho a la mencionada prima de navidad en proporción al tiempo laborado, que se liquidará y pagará con base en el último salario devengado, o en el último promedio mensual, si fuere variable, y para el reconocimiento y pago de la prima de navidad se tendrán en cuenta los siguientes factores de salario:

 

a) La asignación básica mensual señalada para el respectivo cargo;

 

b) Los incrementos de remuneración a que se refieren los artículos 49 y 97 del Decreto Ley 1042 de 1978;

 

c) Los gastos de representación;

 

d) La prima técnica;

 

e) Los auxilios de alimentación y transporte;

 

f) La prima de servicios y la de vacaciones;

 

g) La bonificación por servicios prestados.

 

En consecuencia, se precisa que, de conformidad con la norma, la prima de navidad deberá pagarse con base en el salario que corresponda al cargo desempeñado al treinta de noviembre del correspondiente año y se incluirán los factores salariales que efectivamente haya percibido el servidor al momento del pago.

 

Por otra parte, sobre el régimen de cesantías anualizadas de forma general aplicable a los empleados del orden nacional, fue creado para los trabajadores del sector privado con la Ley 50 de 19906, pero con la entrada en vigencia de la Ley 344 de 19967, se extendió a los públicos del orden territorial y consiste en que el empleador el 31 de diciembre de cada año debe liquidar las cesantías por anualidad o fracción, consignando el valor correspondiente al fondo de cesantías al que se encuentre afiliado el empleado, lo cual cobija a las personas vinculadas a partir del 31 de diciembre de 1996, en el orden territorial, como ya se dijo.

 

En cuanto a su liquidación, el artículo 99 de la Ley 50 de 19908 dispone:

 

«El nuevo régimen especial de auxilio de cesantía, tendrá las siguientes características:

 

1. El 31 de diciembre de cada año se hará la liquidación definitiva de cesantía, por la anualidad o por la fracción correspondiente, sin perjuicio de la que deba efectuarse en fecha diferente por la terminación del contrato de trabajo.

 

2. El empleador cancelará al trabajador los intereses legales del 12% anual o proporcionales por fracción, en los términos de las normas vigentes sobre el régimen tradicional de cesantía, con respecto a la suma causada en el año o en la fracción que se liquide definitivamente.

 

3. El valor liquidado por concepto de cesantía se consignará antes del 15 de febrero del año siguiente, en cuenta individual a nombre del trabajador en el fondo de cesantía que él mismo elija. El empleador que incumpla el plazo señalado deberá pagar un día de salario por cada día de retardo.

 

4. Sí al término de la relación laboral existieren saldos de cesantía a favor del trabajador que no hayan sido entregados al Fondo, el empleador se los pagará directamente con los intereses legales.

 

5. [...].

 

Todos los aspectos que no se modifiquen específicamente por esta Ley, continuarán regulados por las normas vigentes del régimen tradicional relativas al auxilio de cesantía. (Se subraya)

 

Los empleados con régimen de liquidación anualizado de cesantías afiliados a fondos privados de cesantías tienen derecho al pago de intereses sobre las cesantías a cargo del empleador en virtud de la Ley 50 de 1990 por remisión de la Ley 344 de 19969 y su decreto reglamentario 1582 de 199810. De esta manera, los funcionarios vinculados a fondos privados de cesantías, tendrán derecho a que cada 31 de diciembre, el empleador liquide y consigne el auxilio de cesantías, de la anualidad correspondiente, al Fondo Privado al que se afilien y, además, les reconozca y pague intereses sobre las cesantías, a partir de la anualidad correspondiente al año de 1998.

 

Respecto de las cesantías consignadas en fondos privados, tenemos que el Decreto 1160 de 194711 dispone:

 

«ARTÍCULO 6. De conformidad con lo dispuesto por el Decreto número 2567, de 31 de agosto de 1946, para liquidar el auxilio de cesantía a que tengan derecho los asalariados nacionales, departamentales, intendenciales, comisariales, municipales y particulares, se tomará como base el último sueldo o jornal devengado, a menos que el sueldo o jornal haya tenido modificaciones en los tres (3) últimos meses, en cuyo caso la liquidación se hará por el promedio de lo devengado en los últimos doce (12) meses o en todo el tiempo de servicio, si este fuere menor de doce (12) meses. [...]

 

Conforme a la disposición anterior, la liquidación de cesantías anualizada se efectúa teniendo en cuenta el último sueldo o jornal devengado, a menos que el mismo haya tenido modificaciones en los últimos tres meses, caso en el cual se hará teniendo en cuenta el percibido en los tres últimos meses.

 

En este orden de ideas, el empleado, tendrá derecho al auxilio de cesantías desde la fecha de su posesión y hasta la terminación de la respectiva vinculación y a un porcentaje de intereses a las cesantías del 12% anual o fracción si la vinculación fue menor a 12 meses.

 

Por lo tanto, el valor liquidado por concepto de cesantías se consignará antes del 15 de febrero del año siguiente, en cuenta individual a nombre del trabajador en el fondo de cesantía que él mismo elija. El empleador que incumpla el plazo señalado deberá pagar un día de salario por cada día de retardo.

 

En cuanto a los intereses, estos deben corresponder al 12% del monto liquidado a 31 de diciembre y, por lo tanto, no es procedente que la liquidación y pago de interese se dé antes de la fecha señalada en el artículo 99 de la Ley 50.

 

Para más información respecto de las normas de administración de los empleados del sector público y aplicables a su consulta, me permito indicar que en el link http://www.funcionpublica.gov.co/eva/es/gestor-normativo podrá encontrar conceptos relacionados con el tema, que han sido emitidos por esta Dirección Jurídica.

 

El anterior concepto se emite en los términos establecidos en el artículo 28 del Código de Procedimiento Administrativo y de lo Contencioso Administrativo.

 

Cordialmente,

 

HAROLD ISRAEL HERREÑO SUAREZ

 

Director Jurídico (e)

 

Proyecto: Daniela Alejandra Avila M.

 

Reviso: Janne Alexandra Guzmán.

 

Aprobó: Harold Israel Herreño Suarez

 

11602.

 

NOTAS DE PIE DE PÁGINA

 

1 ‘’Por el cual se modifica la estructura del Departamento Administrativo de la Función Pública¿

 

2 Por el cual se prevé la integración de la seguridad social entre el sector público y el privado y se regula el régimen prestacional de los empleados públicos y trabajadores oficiales.

 

3 “Por el cual se reglamenta el Decreto 3135 de 1968.”

 

4 Por el cual se fijan las remuneraciones de los empleos que sean desempeñados por empleados públicos de la Rama Ejecutiva, Corporaciones Autónomas Regionales y de Desarrollo Sostenible, y se dictan otras disposiciones.

 

5 “Por el cual se fija el Régimen de prestaciones sociales para los empleados públicos y se regula el régimen mínimo prestacional de los trabajadores oficiales del nivel territorial.”

 

7 “Por la cual se introducen reformas al Código Sustantivo del Trabajo y se dictan otras disposiciones."

 

8 Por la cual se introducen reformas al Código Sustantivo del Trabajo y se dictan otras disposiciones.

 

9 Por la cual se dictan normas tendientes a la racionalización del gasto público, se conceden unas facultades extraordinarias y se expiden otras disposiciones.

 

10 Por el cual se reglamenta parcialmente los artículos 13 de la Ley 344 de 1996 y 5 de la Ley 432 de 1998, en relación con los servidores públicos del nivel territorial y se adoptan otras disposiciones en esta materia.

 

11 Sobre auxilio de cesantía