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MIPG cuenta con una metodología de medición que se materializa en la operación estadística Medición del Desempeño Institucional MDI, la cual se implementa en las entidades que están en el ámbito de aplicación de MIPG y del Modelo Estándar de Control Interno, y su principal razón de ser es brindar insumos para que las entidades puedan establecer un diagnóstico de sus fortalezas y debilidades en materia de gestión y desempeño institucional, realizar un ejercicio de retroalimentación y llevar el registro año a año de sus avances, para cumplir de manera efectiva con los objetivos propuestos por el Modelo.

El análisis de los datos capturados permite determinar la capacidad de las entidades públicas de facilitar, a través de sus procesos de gestión institucional, una mejor producción de bienes y prestación de servicios, a fin de resolver efectivamente las necesidades y problemas de los ciudadanos.