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El alcance inicial del sistema son las entidades de la Administración Pública Nacional (Rama Ejecutiva), entidades de las Ramas Judicial y Legislativa, organismos autónomos, y finalmente, las instituciones del orden territorial. Pero el despliegue del SIGEP II empezará con la Rama Ejecutiva Orden Nacional.  Para las entidades de orden territorial, el Departamento Administrativo de la Función Pública informará oportunamente el momento en que puedan ingresar al Sistema.