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Una de las dimensiones de MIPG es la de “Control Interno”. MIPG promueve el mejoramiento continuo de las entidades, razón por la cual éstas deben establecer acciones, políticas, métodos, procedimientos de control y de gestión del riesgo, así como mecanismos para su prevención, verificación y evaluación. Por tanto, para MIPG el Sistema de Control Interno es la clave para asegurar razonablemente que las demás dimensiones atiendan su propósito. 

Esta dimensión corresponde al Sistema de Control Interno SCI (previsto en la Ley 87 de 1993), integrado por el esquema de organización y el conjunto de planes, métodos, principios, normas, procedimientos y mecanismos de verificación y evaluación adoptados por una entidad, con el fin de procurar que todas las actividades, operaciones y actuaciones, así como la administración de la información y los recursos, se realicen de acuerdo con las normas constitucionales y legales vigentes dentro de las políticas trazadas por la dirección y en atención a las metas u objetivos previstos y se opera a través del Modelo Estándar de Control Interno MECI. 

En función de la articulación de los sistemas de gestión y de control se cuenta con la versión actualizada del MECI, fundamentada en cinco componentes tomando como referencia el Modelo COSO y, bajo un esquema de asignación de responsabilidades para la gestión del riesgo y control (Tres Líneas de Defensa) , no siendo una tarea exclusiva de las oficinas de control interno.